Wykorzystanie profilowania transkrypcyjnego do opracowania testu diagnostycznego tolerancji operacyjnej u biorców przeszczepów wątroby ad

Ogólnie rzecz biorąc, analiza danych pochodzących z mikromacierzy prowadzi do identyfikacji genetycznego klasyfikatora, który wykazuje wysoką dokładność w odróżnianiu TOL od próbek innych niż TOL. Rysunek Zarys umiejętności. Próbki krwi obwodowej uzyskano od łącznie 80 biorców przeszczepionej wątroby i 16 zdrowych osób. Próbki od biorców TOL i innych niż TOL podzielono na zestaw treningowy (38 próbek) i zestaw testowy (23 próbki). Różnicową ekspresję genów mikromacierzy pomiędzy próbami TOL i innymi niż TOL w zbiorze treningowym oszacowano najpierw za pomocą SAM. Następnie przeprowadzono poszukiwanie identyfikacji klasyfikatorów genetycznych do prognozowania z wykorzystaniem PAM, co zaowocowało sygnaturą 26-sond. Następnie wykorzystano sygnaturę pochodzącą z PAM w celu oszacowania częstości występowania tolerancji wśród kohorty 19 biorców STA. Następnie, spośród genów zidentyfikowanych przez SAM i PAM, wybrano 68 genów do walidacji na platformie qPCR, a 34 zwalidowane cele wykorzystano do identyfikacji dodatkowych klasyfikatorów wykorzystujących MiPP. Trzy sygnatury zidentyfikowane przez MiPP w zestawie danych qPCR zostały następnie wykorzystane do klasyfikacji próbek w niezależnym teście 11 osób z TOL i 12 osób, które nie otrzymały TOL. Żadna z próbek z zestawu testowego nie została wykorzystana w procesie wykrywania genetycznego klasyfikatora. Figura 2Differentialna ekspresja genu między próbkami TOL i nie-TOL. Profile ekspresji 100 najważniejszych genów spośród 2482 sond zidentyfikowanych przez SAM. Wyniki wyrażono jako widok matrycowy danych ekspresji genów (mapa ciepła), gdzie rzędy reprezentują geny i kolumny reprezentują próbki hybrydyzowane. Intensywność każdego koloru oznacza standaryzowany stosunek pomiędzy każdą wartością i średnią ekspresją każdego genu we wszystkich próbkach. Czerwone piksele odpowiadają zwiększonej obfitości mRNA we wskazanej próbce krwi, podczas gdy zielone piksele wskazują obniżone poziomy mRNA. Rysunek 3Drozróżnianie pomiędzy próbami TOL i innymi niż TOL na podstawie sygnatury 26-sondowej. (A) Wykres słupkowy pokazujący wyniki uzyskane przez globaltest dla poszczególnych sond wybranych przez PAM. Wysokość słupka powyżej linii odniesienia odpowiada statystycznie istotnemu związkowi z tolerancją. Czerwony oznacza negatywne powiązanie; zielony oznacza pozytywny związek. (B) Wielowymiarowe skalowanie próbek TOL (trójkąty) i innych niż TOL (kółka) zgodnie z ekspresją 26 sond wybranych przez PAM. Odległości między próbkami wykreślonymi na wykresie 3D są proporcjonalne do ich odmienności w ekspresji genów. Próbki TOL i inne niż TOL pojawiają się jako 2 dobrze zdefiniowane i wyraźnie oddzielone grupy. Tabela Charakterystyka demograficzna grup pacjentów Predykcja tolerancji u biorców STA w warunkach podtrzymującej immunosupresji z wykorzystaniem danych ekspresji mikromacierzy. Aby oszacować odsetek potencjalnie tolerancyjnych osobników wśród biorców STA, a tym samym zewnętrznie zatwierdzić zależną od tolerancji sygnaturę mikromacierzy 26-sondowej, wykorzystaliśmy PAM do zaklasyfikowania kohorty 19 pacjentów STA w ramach immunosupresyjnej terapii podtrzymującej do kategorii TOL i innych niż TOL. Tolerancja była przewidziana w 26% przypadków. Wskaźnik ten wahał się od 21% do 31%, gdy wykorzystano 3 inne algorytmy predykcyjne, mianowicie uczenie maszynowe supervektora przy użyciu funkcji bazowej radialnej jądra (SVM-rbf) lub liniowego jądra (SVM-lin) i najbliższych sąsiadów K (dane nie pokazane). To oszacowanie jest zgodne z częstością skutecznego odsadzenia obserwowaną u podobnie wybranych biorców STA (5, 8). Ponadto, biorcy STA zidentyfikowani jako tolerancyjni na podstawie wzorców ekspresji na mikromacierzy wykazywali wyższy odsetek limfocytów T T V T1TCR + krwi obwodowej i stosunek limfocytów T V (1 / V2 2 niż te zidentyfikowane jako nietolerancyjni biorcy (Figura 4A), który jest zgodny z 2 wcześniejszymi badaniami immunofenotypowymi (10, 11). Wielowymiarowe skalowanie zostało następnie użyte do wykreślenia próbek TOL, innych niż TOL i STA w oparciu o sygnaturę wyrażenia mikromacierzy pochodzącą z PAM. W szczególności, próbki STA zgrupowano razem z próbkami TOL lub innymi niż TOL, zgodnie z ich przewidywanym fenotypem klinicznym (Figura 4B). Rycina 4 Estymacja potencjalnie tolerancyjnych osobników wśród biorców STA. (A) Odbiorcy STA sklasyfikowani jako tolerancyjni (STOLy TZT-zależne od STA) wykazują wyższe poziomy limfocytów T T v Tl + V i V | / V <2 limfocytów T niż obaj odbiorcy STA sklasyfikowani jako nietolerancyjni (STA-Affy non-TOL) lub osoby kontaktowe CONT. (B) Wielowymiarowy wykres skalujący zawierający próbki TOL (wypełnione trójkąty) i inne niż TOL (wypełnione kółka) razem z próbkami STA sklasyfikowanymi jako tolerancyjne (STOLL-TG, otwarte trójkąty) lub nietolerancyjne (STA-Affy non-TOL, otwarte kółka ) na podstawie ekspresji 26 mikromacierzy sond wybranych przez PAM [hasła pokrewne: szczepionka na dur brzuszny, przychodnia władysławowo, brak szczęścia w miłości ] [patrz też: pokrzywka icd 10, ortoprotex, femina kwidzyn ]