Wykorzystanie profilowania transkrypcyjnego do opracowania testu diagnostycznego tolerancji operacyjnej u biorców przeszczepów wątroby cd

Walidacja danych ekspresji mikromacierzy za pomocą qPCR. Zastosowaliśmy qPCR, aby potwierdzić ekspresję docelowych genów zidentyfikowanych przez mikromacierze i porównać pomiary ekspresji otrzymane od biorców wątroby z tymi pochodzącymi od osób zdrowych nie transplantowanych (CONT). Wybrane geny docelowe do eksperymentów qPCR obejmowały 24 geny wybrane przez PAM, 44 geny wybrane spośród najbardziej wysoko klasyfikowanych na liście genów pochodzących z SAM i 6 genów (UBD, HLA-DOB, FOXP3, LTBP3, MAN1A1, LGALS3) uprzednio zgłoszonych być związane z tolerancją allograftu (tabela 2). Do tych doświadczeń wykorzystano próbki krwi obwodowej od 16 osób z TOL, 15 osób bez TOL i 16 osób z grupy CONT. Próbki TOL i inne niż TOL różniły się ekspresją 34 genów (Tabela 3 i Figura 5A). Trzydzieści genów ulegało ekspresji różnicowej, gdy oceniano je za pomocą mikromacierzy, ale nie za pomocą qPCR. Spośród nich startery PCR i sondy mikromacierzy nie rozpoznawały tych samych transkryptów w 11 przypadkach. W związku z tym qPCR może potwierdzić zróżnicowaną ekspresję 64% genów wybranych przez mikromacierze. Odtwarzalność wartości ekspresji qPCR oszacowano przez obliczenie zmienności między pacjentami i między testami. Różnice między pacjentami (mediana SD