Wykorzystanie profilowania transkrypcyjnego do opracowania testu diagnostycznego tolerancji operacyjnej u biorców przeszczepów wątroby czesc 4

Przeprowadziliśmy globaltest w celu oceny wpływu wieku, płci, rodzaju immunosupresji, czasu przeszczepu, liczby leukocytów krwi obwodowej oraz stanu zakażenia HCV na wzorach ekspresji genów mikromacierzy krwi obwodowej. Nie stwierdzono istotnej korelacji między profilem ekspresji związanym z tolerancją a wiekiem, płcią, immunosupresją farmakologiczną i liczbą limfocytów krwi obwodowej, neutrofili i monocytów (dane nie przedstawione). Czas od transplantacji był nieznacznie związany z podpisem 26-sondy pochodzącym z PAM (wartość P <0,042), ale nie z zestawem 2462-sondy zidentyfikowanym przez SAM. Infekcja HCV miała natomiast duży wpływ zarówno na globalne wzorce ekspresji genów, jak i na sygnatury ekspresji związane z tolerancją (P <0,0003 i P <0,0033 odpowiednio dla zestawów 26- i 2,462-sond). Aby dalej analizować wpływ zakażenia HCV na wzorce ekspresji genów po transplantacji, porównaliśmy próbki od pacjentów zakażonych przewlekle (HCV-dodatnich) z próbkami niezakażonych (nie zakażonych HCV) biorców używających SAM. Spowodowało to identyfikację 4725 sond różnicowanych ekspresyjnie (FDR <5%, dane nie pokazane). Ponadto użyliśmy SAM do porównania strat TOL i innych niż TOL w oparciu o status zakażenia HCV. Osoby z negatywnym wynikiem testu TG oraz osobami bez TOL-y HCV różniły się w 117 sondach, podczas gdy 528 sond było różnicowo eksprymowanych pomiędzy HCV-dodatnimi osobami TOL i osobami bez TOL (FDR <5%, Figura 6A). Stwierdzono także, że zakażenie HCV wpływa na ekspresję 12 z 26 sond zawartych w genetycznym klasyfikatorze mikromacierzy pochodzących z PAM, chociaż korelacja była mocniejsza z tolerancją niż z zakażeniem HCV (Figura 6B). Jest to zgodne z naszym odkryciem, że zestaw 26-sond klasyfikuje próbki TOL i inne niż TOL niezależnie od statusu zakażenia HCV (Figura 3B). Tak więc, chociaż zakażenie HCV ma duży wpływ na ekspresję genów krwi obwodowej po transplantacji wątroby, nie zapobiega to dokładnej dyskryminacji między osobami biorącymi udział w TOL i nie-TOL. Figura 6 Wpływ zakażenia HCV i podzestawów PBMC na globalne pomiary ekspresji genów. (A) diagram Venna przedstawiający liczbę statystycznie istotnych genów między próbami TOL i nie-TOL stratyfikowanymi na podstawie statusu zakażenia HCV (SAM, FDR <0,05). (B) Wykres słupkowy pokazujący wpływ tolerancji (górny panel) i zakażenia HCV (dolny panel) na 26 indywidualnych sond wybranych przez PAM według globalitów. Wysokość słupka powyżej linii odniesienia odpowiada statystycznie istotnemu powiązaniu. Czerwony oznacza negatywne powiązanie; zielony oznacza pozytywny związek. (C) Wykres szachownicy reprezentujący korelację między częstotliwością podzbioru PBMC a ekspresją poszczególnych 26 sond wybranych przez PAM. Wyniki przedstawiono jako matrycę, w której białe kwadraty odpowiadają nieistotnym skojarzeniom, a czarne kwadraty znaczącym skojarzeniom (P <0,05) według globalitów. Dla porównania w analizie uwzględniono również tolerancję i status HCV. Podzbiory PBMC uczestniczą w śladzie ekspresji genów związanych z tolerancją. W poprzednim raporcie (11) szczegółowo badaliśmy różnice w podzestawach PBMC między biorcami wątroby z grupy TOL i innych niż TOL (niniejszy raport obejmował 32 z 38 biorców TOL i innych niż TOL włączonych do naszego obecnego badania mikromacierzy). Odbiorcy TOL wykazywali zwiększoną liczbę limfocytów T CD4 + CD25 + Foxp3 +,. TCR + i. 1TCR +. W przeciwieństwie do tego, nie zaobserwowano żadnych różnic w częstości lub liczbach bezwzględnych innych podzbiorów komórek T, komórek B, NK i NKT (11). Aby określić udział tych podzbiorów PBMC w wzorcach ekspresji związanych z tolerancją, wykorzystano globaltest do skorelowania częstotliwości podzbiorów komórek z poziomami ekspresji pochodzącymi z mikromacierzy. W badaniu wzięło udział 57 pacjentów, dla których dostępne były dane z mikromacierzy (w tym biorcy TOL, osoby inne niż TOL i STA). Najpierw obliczyliśmy liczbę sond z listy 2,482-sondy pochodnej SAM, której ekspresja była skorelowana z częstotliwością każdego określonego podzbioru PBMC. Komórki T NK, Vl1TCR + i całkowite. TCR + wpłynęły odpowiednio na 314, 296 i 438 sond, chociaż istotność statystyczną osiągnięto tylko dla komórek NK (P <0,0032) i. TCR + (P <0,0271). Dla porównania, podobną analizę przeprowadzono na liście z 4725-sondami różnicującej wynik dodatni pod względem HCV od próbek ujemnych pod względem HCV. W tej analizie zidentyfikowano limfocyty T CD8 + jako podzbiór limfocytów wpływające na największą liczbę genów, chociaż nie osiągnęło to istotności statystycznej (328 sond; P <0,14) [patrz też: odkwaszanie organizmu cytryna, uzależnienie od leków przeciwbólowych, coleus forskohlii opinie ] [hasła pokrewne: receptory adrenergiczne, lendacin, medispirant żel pod prysznic opinie ]